Z důvodu rekonstrukce je vyloučen provoz kolejí u 5. a 6. nástupiště na brněnském hlavním nádraží. Vzhledem k omezené kapacitě zbývajících nástupišť je omezen provoz linek S4 a S41 (tratě 240 a 244).
Všechny vlaky linky S4 jsou v pracovních dnech v úseku Brno hl. n. - Zastávka u Brna nahrazeny náhradní autobusovou dopravou podle výlukového jízdního řádu. V nepracovních dnech jedou vlaky podle pravidelného jízdního řádu na hlavní nádraží.
Většina vlaků linky S41 je vedena odklonem do stanice Brno dolní nádraží, neobslouží tak stanice Brno hl. n. a Brno-Horní Heršpice. V úseku Brno hl. n. - Brno dolní nádraží je zavedena náhradní autobusová doprava. V pracovních dnech je pro obsluhu oblasti Horních Heršpic navíc zavedena náhradní autobusová linka H v trase Brno-Horní Heršpice - Střelice. V brzkých ranních a pozdních večerních hodinách jsou vybrané vlaky linky S41 vedeny v pravidelné trase na hlavní nádraží.
Rychlíky linky R11 jsou vedeny bez omezení až na hlavní nádraží.
Aktuální výlukové jízdní řády a podrobné informace jsou k dispozici na www.cd.cz/jizdni-rad/omezeni-provozu, aktuální řazení vlaků je možné zjistit na www.zelpage.cz/razeni.